ODBC 経由で R から FHIR のデータ を分析

純粋な R スクリプトと標準 SQL で FHIR のデータ にアクセスできます。CData ODBC ドライバ for FHIR と RODBC パッケージを使用すると、R からリモート FHIR のデータ を操作できます。CData ドライバを使用することで、業界で実績のある標準に準拠したドライバを活用し、人気のオープンソース言語 R でデータにアクセスできます。この記事では、ドライバを使用して FHIR のデータ に SQL クエリを実行し、R で FHIR のデータ を可視化する方法を説明します。

R をインストール

マルチスレッドや管理コードによるドライバのパフォーマンス向上は、マルチスレッド対応の Microsoft R Open や、BLAS/LAPACK ライブラリにリンクした R を実行することで補完できます。この記事では Microsoft R Open（MRO）を使用します。

FHIR にODBC データソースとして接続

FHIR への接続情報と、Windows および Linux 環境での DSN 設定手順を説明します。

URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

Service Base URL のサンプル

• 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
• Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
• AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
• Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

汎用FHIR インスタンス

CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

DSN を設定する際に、Max Rows 接続プロパティも設定することをお勧めします。これにより返される行数が制限され、レポートやビジュアライゼーションの設計時のパフォーマンス向上に役立ちます。

Windows

まだ設定していない場合は、ODBC DSN（データソース名）で接続プロパティを指定します。これはドライバーインストールの最後のステップです。Microsoft ODBC データソースアドミニストレーターを使用して、ODBC DSN を作成・設定できます。

Linux

Linux 環境で CData ODBC Driver for FHIR をインストールする場合、ドライバーのインストール時にシステム DSN が事前定義されます。システムデータソースファイル（/etc/odbc.ini）を編集して、必要な接続プロパティを定義することで DSN を変更できます。

/etc/odbc.ini

[CData FHIR Source]
Driver = CData ODBC Driver for FHIR
Description = My Description
URL = http://test.fhir.org/r4b/
ConnectionType = Generic
ContentType = JSON
AuthScheme = None

これらの設定ファイルの使用方法の詳細については、ヘルプドキュメント（インストール済みまたはオンライン）を参照してください。

RODBC パッケージを読み込む

ドライバを使用するには、RODBC パッケージをダウンロードします。RStudio で、［ツール］ -> ［パッケージのインストール］をクリックし、［パッケージ］ボックスに RODBC と入力します。

RODBC パッケージをインストールした後、以下の行でパッケージを読み込みます。

library(RODBC)

注意：この記事では RODBC バージョン 1.3-12 を使用しています。Microsoft R Open を使用すると、Microsoft の MRAN リポジトリのチェックポイント機能を使用して同じバージョンでテストできます。 checkpoint コマンドを使用すると、MRAN リポジトリでホストされている CRAN リポジトリのスナップショットからパッケージをインストールできます。2016年1月1日のスナップショットにはバージョン 1.3-12 が含まれています。

library(checkpoint)
checkpoint("2016-01-01")

FHIR のデータ にODBC データソースとして接続

以下の行で R から DSN に接続できます。

conn <- odbcConnect("CData FHIR Source")

スキーマの検出

ドライバは FHIR API をリレーショナルテーブル、ビュー、ストアドプロシージャとしてモデル化します。以下の行でテーブルの一覧を取得できます。

sqlTables(conn)

SQL クエリを実行

sqlQuery 関数を使用して、FHIR API でサポートされている任意の SQL クエリを実行できます。

patient <- sqlQuery(conn, "SELECT Id, [name-use] FROM Patient WHERE [address-city] = 'New York'", believeNRows=FALSE, rows_at_time=1)

以下のコマンドでデータビューアウィンドウに結果を表示できます。

View(patient)

FHIR のデータ をプロット

これで、CRAN リポジトリで利用可能なデータビジュアライゼーションパッケージを使用して FHIR のデータ を分析できます。組み込みのバープロット関数を使用して、シンプルな棒グラフを作成できます。

par(las=2,ps=10,mar=c(5,15,4,2))
barplot(patient$[name-use], main="FHIR Patient", names.arg = patient$Id, horiz=TRUE)