Google Data Fusion で FHIR に連携した ETL プロセスを作成

Google Data Fusion を使用すると、セルフサービス型のデータ連携を行い、異なるデータソースを統合できます。CData JDBC Driver for FHIR をアップロードすることで、Google Data Fusion のパイプライン内から FHIR のデータ にリアルタイムでアクセスできるようになります。CData JDBC Driver を使用すると、FHIR のデータ を Google Data Fusion でネイティブにサポートされている任意のデータソースにパイプできますが、この記事では、FHIR から Google BigQuery へデータをパイプする方法を説明します。

CData JDBC Driver for FHIR を Google Data Fusion にアップロード

CData JDBC Driver for FHIR を Google Data Fusion インスタンスにアップロードして、FHIR のデータ にリアルタイムでアクセスしましょう。Google Data Fusion では JDBC ドライバーの命名規則に制限があるため、JAR ファイルを driver-version.jar という形式に合わせてコピーまたはリネームしてください。例：cdatafhir-2020.jar

1. Google Data Fusion インスタンスを開きます
2. をクリックしてエンティティを追加し、ドライバーをアップロードします
3. "Upload driver" タブで、リネームした JAR ファイルをドラッグまたは参照します。
4. "Driver configuration" タブで以下を設定します：
   • Name: ドライバーの名前（cdata.jdbc.fhir）を作成し、メモしておきます
   • Class name: JDBC クラス名を設定します：（cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver）
   
5. "Finish" をクリックします

Google Data Fusion で FHIR のデータ に接続

JDBC Driver をアップロードしたら、Google Data Fusion のパイプラインで FHIR のデータ にリアルタイムでアクセスできます。

1. Pipeline Studio に移動して、新しいパイプラインを作成します
2. "Source" オプションから "Database" をクリックして、JDBC Driver 用のソースを追加します
3. Database ソースの "Properties" をクリックしてプロパティを編集します

   NOTE：Google Data Fusion で JDBC Driver を使用するには、ライセンス（製品版またはトライアル）とランタイムキー（RTK）が必要です。ライセンス（またはトライアル）の取得については、CData までお問い合わせください。

   • Label を設定します
   • Reference Name を将来の参照用の値に設定します（例：cdata-fhir）
   • Plugin Type を "jdbc" に設定します
   • Connection String を FHIR の JDBC URL に設定します。例：
     
     jdbc:fhir:RTK=5246...;URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;

     URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

     汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

     Service Base URL のサンプル

     • 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
     • Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
     • AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
     • Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

     汎用FHIR インスタンス

     CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

     ビルトイン接続文字列デザイナー

     JDBC URL の作成には、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナーを使用できます。JAR ファイルをダブルクリックするか、コマンドラインから JAR ファイルを実行してください。

           java -jar cdata.jdbc.fhir.jar
           

     接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。

     
   • Import Query を FHIR から取得したいデータを抽出する SQL クエリに設定します。例：
     SELECT * FROM Patient
   
4. "Sink" タブから、同期先シンクを追加します（この例では Google BigQuery を使用します）
5. BigQuery シンクの "Properties" をクリックしてプロパティを編集します
   • Label を設定します
   • Reference Name を fhir-bigquery のような値に設定します
   • Project ID を特定の Google BigQuery プロジェクト ID に設定します（またはデフォルトの "auto-detect" のままにします）
   • Dataset を特定の Google BigQuery データセットに設定します
   • Table を FHIR のデータ を挿入するテーブル名に設定します
   

Source と Sink を設定すると、FHIR のデータ を Google BigQuery にパイプする準備が整います。パイプラインを保存してデプロイしてください。パイプラインを実行すると、Google Data Fusion が FHIR からリアルタイムデータをリクエストし、Google BigQuery にインポートします。

これはシンプルなパイプラインの例ですが、変換、分析、条件などを使用してより複雑な FHIR パイプラインを作成できます。CData JDBC Driver for FHIR の 30日間の無償トライアルをダウンロードして、今すぐ Google Data Fusion で FHIR のデータ をリアルタイムで活用しましょう。