CloverDX（旧CloverETL）で FHIR のデータ に接続

CData JDBC Driver for FHIR を使用すると、CloverDX（旧CloverETL）のデータ変換コンポーネントで FHIR をソースとして扱えます。この記事では、JDBC Driver for FHIR を使用して、フラットファイルへのシンプルな転送を設定する方法を説明します。

JDBC データソースとして FHIR に接続

1. FHIR のデータ への接続を作成します。新規のCloverDX グラフで、Outline ペインの「Connections」ノードを右クリックし、「Connections」->「Create Connection」をクリックします。Database Connection ウィザードが表示されます。
2. プラスアイコンをクリックし、JAR からドライバーをロードします。インストールディレクトリのlib サブフォルダを参照し、cdata.jdbc.fhir.jar ファイルを選択します。
3. JDBC URL を入力します。

   URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

   汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

   Service Base URL のサンプル

   • 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
   • Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
   • AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
   • Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

   汎用FHIR インスタンス

   CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

   組み込みの接続文字列デザイナー

   JDBC URL の構築には、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナーを使用してください。JAR ファイルをダブルクリックするか、コマンドラインから実行します。

   java -jar cdata.jdbc.fhir.jar
   

   接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。

   

   一般的なJDBC URL は次のようになります：

   jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;

DBInputTable コンポーネントで FHIR のデータ をクエリ

1. Palette の「Readers」から「DBInputTable」をジョブフローにドラッグし、ダブルクリックして設定エディターを開きます。
2. 「DB connection」プロパティで、ドロップダウンメニューから FHIR JDBC データソースを選択します。
3. SQL クエリを入力します。例：

   SELECT Id, [name-use] FROM Patient WHERE [address-city] = 'New York'

クエリの出力をUniversalDataWriter に書き込む

1. 「Writers」から「UniversalDataWriter」をジョブフローにドラッグします。
2. UniversalDataWriter をダブルクリックして設定エディターを開き、ファイルURL を追加します。
3. DBInputTable を右クリックし、「Extract Metadata」をクリックします。
4. DBInputTable の出力ポートをUniversalDataWriter に接続します。
5. UniversalDataWriter の「Select Metadata」メニューで、Patient テーブルを選択します。（このメニューはUniversalDataWriter の入力ポートを右クリックしても開けます。）
6. 「Run」をクリックして、ファイルに書き込みます。