ODBC 経由で R から SFTP のデータ を分析

純粋な R スクリプトと標準 SQL で SFTP のデータ にアクセスできます。CData ODBC ドライバ for SFTP と RODBC パッケージを使用すると、R からリモート SFTP のデータ を操作できます。CData ドライバを使用することで、業界で実績のある標準に準拠したドライバを活用し、人気のオープンソース言語 R でデータにアクセスできます。この記事では、ドライバを使用して SFTP のデータ に SQL クエリを実行し、R で SFTP のデータ を可視化する方法を説明します。

R をインストール

マルチスレッドや管理コードによるドライバのパフォーマンス向上は、マルチスレッド対応の Microsoft R Open や、BLAS/LAPACK ライブラリにリンクした R を実行することで補完できます。この記事では Microsoft R Open（MRO）を使用します。

SFTP にODBC データソースとして接続

SFTP への接続情報と、Windows および Linux 環境での DSN 設定手順を説明します。

FTP は、SFTP プロトコルを使用してSFTP サーバーとの間のファイル転送を行います。接続するにはRemoteHost を指定します。FTP はUser、Password、および公開鍵認証（SSHClientCert）を使用します。 SSHAuthMode を選択し、選択に基づいて接続値を指定します。

次の接続プロパティを設定し、ファイルシステムのリレーショナルビューをコントロールします。

• RemotePath: 現在の作業ディレクトリに設定。
• TableDepth: ビューとしてレポートするサブフォルダの深度を制御するために設定。
• FileRetrievalDepth: ファイルを再帰的に取得し、Root テーブルにリストするために設定。

DSN を設定する際に、Max Rows 接続プロパティも設定することをお勧めします。これにより返される行数が制限され、レポートやビジュアライゼーションの設計時のパフォーマンス向上に役立ちます。

Windows

まだ設定していない場合は、ODBC DSN（データソース名）で接続プロパティを指定します。これはドライバーインストールの最後のステップです。Microsoft ODBC データソースアドミニストレーターを使用して、ODBC DSN を作成・設定できます。

Linux

Linux 環境で CData ODBC Driver for SFTP をインストールする場合、ドライバーのインストール時にシステム DSN が事前定義されます。システムデータソースファイル（/etc/odbc.ini）を編集して、必要な接続プロパティを定義することで DSN を変更できます。

/etc/odbc.ini

[CData SFTP Source]
Driver = CData ODBC Driver for SFTP
Description = My Description
RemoteHost = MyFTPServer

これらの設定ファイルの使用方法の詳細については、ヘルプドキュメント（インストール済みまたはオンライン）を参照してください。

RODBC パッケージを読み込む

ドライバを使用するには、RODBC パッケージをダウンロードします。RStudio で、［ツール］ -> ［パッケージのインストール］をクリックし、［パッケージ］ボックスに RODBC と入力します。

RODBC パッケージをインストールした後、以下の行でパッケージを読み込みます。

library(RODBC)

注意：この記事では RODBC バージョン 1.3-12 を使用しています。Microsoft R Open を使用すると、Microsoft の MRAN リポジトリのチェックポイント機能を使用して同じバージョンでテストできます。 checkpoint コマンドを使用すると、MRAN リポジトリでホストされている CRAN リポジトリのスナップショットからパッケージをインストールできます。2016年1月1日のスナップショットにはバージョン 1.3-12 が含まれています。

library(checkpoint)
checkpoint("2016-01-01")

SFTP のデータ にODBC データソースとして接続

以下の行で R から DSN に接続できます。

conn <- odbcConnect("CData SFTP Source")

スキーマの検出

ドライバは SFTP API をリレーショナルテーブル、ビュー、ストアドプロシージャとしてモデル化します。以下の行でテーブルの一覧を取得できます。

sqlTables(conn)

SQL クエリを実行

sqlQuery 関数を使用して、SFTP API でサポートされている任意の SQL クエリを実行できます。

mydirectory <- sqlQuery(conn, "SELECT Filesize, Filename FROM MyDirectory WHERE FilePath = /documents/doc.txt", believeNRows=FALSE, rows_at_time=1)

以下のコマンドでデータビューアウィンドウに結果を表示できます。

View(mydirectory)

SFTP のデータ をプロット

これで、CRAN リポジトリで利用可能なデータビジュアライゼーションパッケージを使用して SFTP のデータ を分析できます。組み込みのバープロット関数を使用して、シンプルな棒グラフを作成できます。

par(las=2,ps=10,mar=c(5,15,4,2))
barplot(mydirectory$Filename, main="SFTP MyDirectory", names.arg = mydirectory$Filesize, horiz=TRUE)