Pentaho Report Designer でFHIR のデータを連携利用

CData JDBC Driver for FHIR のデータ を使えば、ダッシュボードやレポートからリアルタイムデータにアクセスできます。この記事では、FHIR のデータにJDBC データソースとして接続し、Pentaho でFHIR のデータをもとにしたレポートを公開する方法を説明します。

接続してレポートを作成

1. インストールディレクトリのlib サブフォルダ内にあるドライバーのJAR ファイルを、Pentaho ディレクトリ内の\Report-Designer\lib\jdbc\ フォルダにコピーします。
2. \Report-Designer\ フォルダ内のreport-designer.bat ファイルを実行してReport-Designer UI を開きます。

3. Data -> Add Data Source -> Advanced -> JDBC（Custom）をクリックし、新しいFHIR 接続を作成して、ドライバーで新しいデータソースを作成します。 表示されるダイアログで、以下のように接続プロパティを設定します。

   • Custom Connection URL property：JDBC URL を入力します。JDBC URL はjdbc:fhir: で始まり、その後にセミコロン区切りで接続プロパティを指定します。

     URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

     汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

     Service Base URL のサンプル

     • 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
     • Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
     • AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
     • Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

     汎用FHIR インスタンス

     CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

     組み込みの接続文字列デザイナー

     JDBC URL の構成については、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナーを使用してください。JAR ファイルをダブルクリックするか、コマンドラインからJAR ファイルを実行します。

     java -jar cdata.jdbc.fhir.jar
     

     接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。

     

     JDBC URL を設定する際、Max Rows 接続プロパティの設定も検討してください。これにより返される行数が制限されます。特にレポートやビジュアライゼーションを設計する際のパフォーマンス向上に役立ちます。

     一般的なJDBC URL は次のとおりです：

     jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;

   • Custom Driver Class Name：cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver を入力します。
   • User Name：認証に使用するユーザー名。
   • Password：認証に使用するパスワード。
   

レポートにFHIR のデータを追加

FHIR のデータをもとにレポートを作成する準備が整いました。

1. レポートにFHIR のソースを追加します。Data -> Add Data Source -> JDBC をクリックしてデータソースを選択します。

2. クエリを設定します。この記事では以下のクエリを使用します：

   SELECT Id, [name-use] FROM Patient WHERE [address-city] = 'New York'

   
3. レポートにチャートをドラッグし、ダブルクリックしてチャートを編集します。レポートを実行してチャートを表示します。このクエリの結果を使用して、Patient テーブルのシンプルなチャートを作成できます。
4. 最後に、レポートを実行してチャートを確認します。