Oracle Data Integrator で FHIR データをETL

Jerod Johnson
Jerod Johnson
Senior Technology Evangelist
Oracle Data Integrator を使用してFHIR のデータをデータウェアハウスに転送する方法を説明します。

JDBC 標準を使用して、既存のスキルを活かしながらFHIR に接続できます。 Oracle Data Integrator（ODI）などの ETL ツールにドロップインで統合できる CData JDBC Driver for FHIR を使えば、リアルタイムのFHIR のデータをデータウェアハウス、ビジネスインテリジェンス、ビッグデータテクノロジーに接続できます。

JDBC 接続により、ODI でFHIR を他のデータベースと同様に扱うことができます。RDBMS と同じように、フラットファイルではなくリアルタイムでFHIR API に直接接続できます。

この記事では、JDBC ベースの ETL（FHIR から Oracle へ）の手順を説明します。FHIR エンティティのデータモデルをリバースエンジニアリングした後、マッピングを作成し、データロード戦略を選択します。ドライバーが SQL-92 をサポートしているため、組み込みの SQL to SQL Loading Knowledge Module を選択するだけで簡単に実現できます。

ドライバーのインストール

ドライバーをインストールするには、インストールフォルダにあるドライバー JAR（cdata.jdbc.fhir.jar）と .lic ファイル（cdata.jdbc.fhir.lic）を、ODI の適切なディレクトリにコピーします。

  • UNIX/Linux（エージェントなし）: ~/.odi/oracledi/userlib
  • UNIX/Linux（エージェントあり）: ~/.odi/oracledi/userlib および $ODI_HOME/odi/agent/lib
  • Windows（エージェントなし）: %APPDATA%\Roaming\odi\oracledi\userlib
  • Windows（エージェントあり）: %APPDATA%\odi\oracledi\userlib および %APPDATA%\odi\agent\lib

ODI を再起動してインストールを完了します。

モデルのリバースエンジニアリング

モデルをリバースエンジニアリングすると、ドライバーのFHIR のデータに対するリレーショナルビューのメタデータが取得されます。リバースエンジニアリング後は、リアルタイムのFHIR のデータをクエリし、FHIR テーブルに基づいてマッピングを作成できます。

  1. ODI でリポジトリに接続し、New -> Model and Topology Objects をクリックします。
  2. 表示されるダイアログの Model 画面で、以下の情報を入力します。
    • Name: FHIR と入力します。
    • Technology: Generic SQL を選択します（ODI バージョン 12.2 以降の場合は Microsoft SQL Server を選択）。
    • Logical Schema: FHIR と入力します。
    • Context: Global を選択します。
  3. 表示されるダイアログの Data Server 画面で、以下の情報を入力します。
    • Name: FHIR と入力します。
    • Driver List: Oracle JDBC Driver を選択します。
    • Driver: cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver と入力します。
    • URL: 接続文字列を含む JDBC URL を入力します。

      URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

      汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

      Service Base URL のサンプル

      • 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
      • Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
      • AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
      • Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

      汎用FHIR インスタンス

      CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

      組み込みの接続文字列デザイナー

      JDBC URL の作成には、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナーをご利用ください。JAR ファイルをダブルクリックするか、コマンドラインから JAR ファイルを実行します。

      java -jar cdata.jdbc.fhir.jar

      接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。

      一般的な接続文字列は以下のとおりです。

      jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;
  4. Physical Schema 画面で、以下の情報を入力します。
    • Name: ドロップダウンメニューから選択します。
    • Database (Catalog): CData と入力します。
    • Owner (Schema): FHIR でスキーマを選択した場合は選択したスキーマを入力し、それ以外の場合は FHIR と入力します。
    • Database (Work Catalog): CData と入力します。
    • Owner (Work Schema): FHIR でスキーマを選択した場合は選択したスキーマを入力し、それ以外の場合は FHIR と入力します。
  5. 開いたモデルで Reverse Engineer をクリックして、FHIR テーブルのメタデータを取得します。

FHIR のデータの編集と保存

リバースエンジニアリングが完了すると、ODI でFHIR のデータを操作できるようになります。 FHIR のデータを表示するには、Designer ナビゲーターで Models アコーディオンを展開し、テーブルを右クリックして View data をクリックします。

ETL プロジェクトの作成

以下の手順に従って、FHIR からの ETL を作成します。ODI Getting Started VM に含まれるサンプルデータウェアハウスに Patient エンティティをロードします。

  1. SQL Developer を開き、Oracle データベースに接続します。Connections ペインでデータベースのノードを右クリックし、new SQL Worksheet をクリックします。

    または、SQLPlus を使用することもできます。コマンドプロンプトから以下を入力します。 

    sqlplus / as sysdba
  2. 以下のクエリを入力して、ODI_DEMO スキーマにあるサンプルデータウェアハウスに新しいターゲットテーブルを作成します。以下のクエリでは、FHIR の Patient テーブルに対応するいくつかのカラムを定義しています。 
    CREATE TABLE ODI_DEMO.TRG_PATIENT ([NAME-USE] NUMBER(20,0),Id VARCHAR2(255));
  3. ODI で Designer ナビゲーターの Models アコーディオンを展開し、ODI_DEMO フォルダ内の Sales Administration ノードをダブルクリックします。モデルエディターでモデルが開きます。
  4. Reverse Engineer をクリックします。TRG_PATIENT テーブルがモデルに追加されます。
  5. プロジェクト内の Mappings ノードを右クリックし、New Mapping をクリックします。マッピングの名前を入力し、Create Empty Dataset オプションのチェックを外します。Mapping Editor が表示されます。
  6. Sales Administration モデルから TRG_PATIENT テーブルをマッピングにドラッグします。
  7. FHIR モデルから Patient テーブルをマッピングにドラッグします。
  8. ソースのコネクタポイントをクリックし、ターゲットのコネクタポイントにドラッグします。Attribute Matching ダイアログが表示されます。この例では、デフォルトのオプションを使用します。ターゲットカラムのプロパティにターゲット式が表示されます。
  9. Mapping Editor の Physical タブを開き、TARGET_GROUP 内の PATIENT_AP をクリックします。
  10. PATIENT_AP のプロパティで、Loading Knowledge Module タブの LKM SQL to SQL (Built-In) を選択します。

マッピングを実行して、FHIR のデータを Oracle にロードできます。

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