Embulk を使用して FHIR ののデータをデータベースにロードする方法

Embulk はオープンソースのバルクデータローダーです。CData JDBC Driver for FHIR と組み合わせることで、FHIR から任意の同期先にデータを簡単にロードできます。この記事では、CData JDBC Driver for FHIR をEmbulk で使用してFHIR のデータをMySQL データベースにロードする方法を解説します。

CData JDBC Driver は、最適化されたデータ処理機能を内蔵しており、リアルタイムのFHIR のデータに対して比類のないパフォーマンスを発揮します。FHIR に対して複雑なSQL クエリを発行すると、ドライバーはフィルタや集計などのサポートされているSQL 操作を直接FHIR にプッシュし、サポートされていない操作（SQL 関数やJOIN 操作など）は組み込みのSQL エンジンを使用してクライアント側で処理します。

FHIR への JDBC 接続を設定

Embulk でバルクロードジョブを作成する前に、JDBC Driver のJAR ファイルのインストール場所（通常はC:\Program Files\CData\CData JDBC Driver for FHIR\lib）を確認しておきます。

Embulk はJDBC 接続をサポートしているため、FHIR に簡単に接続してSQL クエリを実行できます。バルクロードジョブを作成する前に、FHIR への認証用のJDBC URL を作成します。

URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

Service Base URL のサンプル

• 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
• Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
• AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
• Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

汎用FHIR インスタンス

CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

組み込みの接続文字列デザイナー

JDBC URL の作成には、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナーを使用できます。JAR ファイルをダブルクリックするか、コマンドラインからJAR ファイルを実行します。

java -jar cdata.jdbc.fhir.jar

接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。

以下は、FHIR への一般的なJDBC 接続文字列です。

jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;

Embulk で FHIR ののデータをロード

CData JDBC Driver をインストールしてJDBC 接続文字列を作成したら、必要なEmbulk プラグインをインストールします。

Embulk の入力・出力プラグインをインストール

1. Embulk にJDBC 入力プラグインをインストールします。
   https://github.com/embulk/embulk-input-jdbc/tree/master/embulk-input-jdbc

embulk gem install embulk-input-jdbc

2. この記事では、同期先データベースとしてMySQL を使用します。出力プラグインを使用して、SQL Server、PostgreSQL、またはGoogle BigQuery を同期先として選択することもできます。
   https://github.com/embulk/embulk-output-jdbc/tree/master/embulk-output-mysql

   embulk gem install embulk-output-mysql
   

入力プラグインと出力プラグインをインストールしたら、Embulk を使用してFHIR のデータをMySQL にロードする準備が整いました。

FHIR ののデータをロードするジョブを作成

まず、Embulk で設定ファイルを作成します。ファイル名はfhir-mysql.yml のようにします。

1. 入力プラグインのオプションには、CData JDBC Driver for FHIR、ドライバーJAR ファイルへのパス、ドライバークラス（例：cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver）、および上記のJDBC URL を指定します。
2. 出力プラグインのオプションには、MySQL データベースの値と認証情報を指定します。

設定ファイルのサンプル（fhir-mysql.yml）

in:
	type: jdbc
	driver_path: C:\Program Files\CData[product_name] 20xx\lib\cdata.jdbc.fhir.jar
	driver_class: cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver
	url: jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;
	table: "Patient"
out:
	type: mysql
	host: localhost
	database: DatabaseName
	user: UserId
	password: UserPassword
	table: "Patient"
	mode: insert

ファイルを作成したら、Embulk ジョブを実行します。

embulk run fhir-mysql.yml

Embulk ジョブを実行すると、MySQL テーブルにFHIR のデータが格納されます。

フィルタリングした FHIR ののデータをロード

テーブルから直接データをロードするだけでなく、カスタムSQL クエリを使用してロードするデータをより詳細に制御できます。また、クエリフィールドのSQL WHERE 句で最終更新カラムを設定することで、増分ロードを実行することもできます。

in:
	type: jdbc
	driver_path: C:\Program Files\CData[product_name] 20xx\lib\cdata.jdbc.fhir.jar
	driver_class: cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver
	url: jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;
	query: "SELECT Id, [name-use] FROM Patient WHERE [RecordId] = 1"
out:
	type: mysql
	host: localhost
	database: DatabaseName
	user: UserId
	password: UserPassword
	table: "Patient"
	mode: insert

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