Dremio でFHIR のデータに外部ソースとして接続

CData JDBC Driver for FHIR はJDBC 標準を実装しており、Dremio を含むさまざまなアプリケーションでリアルタイムのFHIR のデータを扱えるようにします。Dremio は、データレイク上でのセルフサービス型インタラクティブ分析を実現するために設計されたデータレイクハウスプラットフォームです。CData JDBC ドライバーを使用することで、エンタープライズデータレイクの一部としてリアルタイムFHIR のデータを活用できます。この記事では、Dremio でFHIR のデータに外部ソースとして接続する方法について説明します。

CData JDBC Driver を使用すると、Dremio でリアルタイムFHIR のデータへの高速アクセスが可能になります。ドライバーをインストールしてFHIR で認証すれば、データレイク内でFHIR のデータにすぐにアクセスできます。ネイティブのデータ型を使用してFHIR のデータを表示し、複雑なフィルタ、集計、その他の操作を自動的に処理することで、CData JDBC Driver はFHIR のデータへのシームレスなアクセスを提供します。

前提条件

この記事では、Docker を使用して Dremio を実行することを想定しています。以下のようなコマンドで Dremio サービスを含む Docker コンテナを作成できます。

docker run -d --name dremio -p 9047:9047 -p 31010:31010 dremio/dremio-oss

ここで、dremio はコンテナの名前、9047 は Dremio Web インターフェース用のコンテナポート、31010 は Dremio クエリサービスにマッピングされるポートです。dremio/dremio-oss は使用するイメージを指定します。

ARP コネクタのビルド

CData JDBC Driver を Dremio で使用するには、Advanced Relation Pushdown（ARP）コネクタをビルドする必要があります。GitHub でソースコードを確認するか、ZIP ファイル（GitHub.com）を直接ダウンロードできます。ファイルをコピーまたは展開したら、コネクタのルートディレクトリ（pom.xml ファイルがあるディレクトリ）から以下のコマンドを実行してコネクタをビルドします。

mvn clean install

NOTE：CData ARP コネクタは Java 11 でコンパイルするようにビルドされています。Java 11 をインストールし、正しいバージョンを使用していることを確認してください。以下のようなコマンドで Java バージョンを更新できます。

sudo update-alternatives --config java

コネクタ用の JAR ファイルが（target ディレクトリに）ビルドされたら、ARP コネクタと JDBC Driver を Dremio インスタンスにコピーする準備が整いました。

コネクタと JDBC Driver のインストール

ARP コネクタを %DREMIO_HOME%/jars/ に、FHIR 用の JDBC Driver を %DREMIO_HOME%/jars/3rdparty にインストールします。以下のようなコマンドを使用できます。

ARP コネクタ

docker cp PATH\TO\dremio-fhir-plugin-{DREMIO_VERSION}.jar dremio_image_name:/opt/dremio/jars/

FHIR 用 JDBC Driver

docker cp PATH\TO\cdata.jdbc.fhir.jar dremio_image_name:/opt/dremio/jars/3rdparty/

FHIR への接続

これで、Dremio の外部ソースオプションに FHIR が表示されるようになりました。ビルドした ARP コネクタは、JDBC URL を使用してFHIR のデータに接続します。JDBC Driver には、接続文字列を作成できるビルトインの接続文字列デザイナーがあります（以下を参照）。

ビルトイン接続文字列デザイナー

JDBC URL の構成については、FHIR JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナーを使用してください。JAR ファイルをダブルクリックするか、コマンドラインから JAR ファイルを実行します。

java -jar cdata.jdbc.fhir.jar

接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。

URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。

汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。

Service Base URL のサンプル

• 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
• Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
• AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
• Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/

汎用FHIR インスタンス

CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。

NOTE：Dremio で JDBC Driver を使用するには、ライセンス（正式版または評価版）とランタイムキー（RTK）が必要です。このライセンス（または評価版）の取得については、営業チームにお問い合わせください。

ランタイムキー（RTK）を JDBC URL に追加します。最終的に、以下のような JDBC URL になります。

jdbc:fhir:RTK=5246...;URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;

FHIR に外部ソースとしてアクセス

FHIR を外部ソースとして追加するには、新しいソースを追加するためにクリックし、FHIR を選択します。JDBC URL をコピーして、New FHIR Source ウィザードに貼り付けます。

接続を保存すれば、Dremio でリアルタイムFHIR のデータをクエリする準備が整い、FHIR のデータをデータレイクに簡単に取り込むことができます。

詳細情報と無償トライアル

Dremio で CData JDBC Driver for FHIR を使用すると、リアルタイムFHIR のデータをデータレイクに取り込むことができます。FHIR への接続の詳細については、CData JDBC Driver for FHIR ページをご覧ください。CData JDBC Driver for FHIR の30日間無償トライアルをダウンロードして、今すぐ始めましょう。