Denodo Platform で FHIR のデータに接続

Jerod Johnson
Senior Technology Evangelist

CData ドライバーを使用して、Denodo Virtual DataPort Administrator で FHIR のデータ用の仮想データソースを作成する方法を説明します。

Denodo Platform は、エンタープライズデータベースのデータを統合的に扱うことができるデータ仮想化製品です。CData JDBC Driver for FHIR と組み合わせることで、Denodo ユーザーは他のエンタープライズデータソースと並んでライブ FHIR のデータを扱うことができます。本記事では、Denodo Virtual DataPort Administrator で FHIR 用の仮想データソースを作成する方法を解説します。

CData JDBC Driver は、最適化されたデータ処理機能を内蔵しており、ライブ FHIR のデータとのやり取りにおいて比類のないパフォーマンスを提供します。FHIR に対して複雑な SQL クエリを発行すると、ドライバーはフィルターや集計などのサポートされている SQL 操作を直接 FHIR にプッシュし、内蔵の SQL エンジンを使用してサポートされていない操作（主に SQL 関数や JOIN 操作）をクライアントサイドで処理します。また、動的メタデータクエリ機能を内蔵しているため、ネイティブデータ型を使用して FHIR のデータを操作・分析できます。

FHIR 仮想ポートの作成

Denodo からライブ FHIR のデータに接続するには、JDBC Driver の JAR ファイルを Denodo の外部ライブラリディレクトリにコピーし、Virtual DataPort Administrator ツールで新しい JDBC データソースを作成します。

CData JDBC Driver for FHIR インストーラーをダウンロードし、パッケージを解凍して JAR ファイルを実行してドライバーをインストールします。
インストール先（通常は C:\Program Files\CData\CData JDBC Driver for FHIR\lib\）から JAR ファイル（およびライセンスファイルが存在する場合はそれも）を Denodo 外部ライブラリディレクトリ（C:\Denodo\Denodo Platform\lib-external\jdbc-drivers\cdata-fhir-19）にコピーします。
Denodo Virtual DataPort Administrator ツールを開き、Server Explorer タブに移動します。
"admin" を右クリックし、New -> Data source -> JDBC を選択します。
JDBC 接続を設定します:
- Name: 任意の名前（例: fhir）
- Database adapter: Generic
- Driver class path: C:\Denodo\Denodo Platform\lib-external\jdbc-drivers\cdata-fhir-19
- Driver class: cdata.jdbc.fhir.FHIRDriver
- Database URI: 必要な接続プロパティを使用して JDBC URL を設定します。例:
  
  jdbc:fhir:URL=http://test.fhir.org/r4b/;ConnectionType=Generic;ContentType=JSON;AuthScheme=None;
  
  Database URI の作成方法は以下のとおりです:
  
  ビルトイン接続文字列デザイナー
  
  JDBC URL の構築には、FHIR JDBC Driver に組み込まれた接続文字列デザイナーを使用できます。JAR ファイルをダブルクリックするか、コマンドラインから JAR ファイルを実行してください。
```
	java -jar cdata.jdbc.fhir.jar
	
```
  接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。
  
  URL をFHIR サーバーのService Base URL に設定します。これは接続したいFHIR サーバーでリソースが定義されているアドレスです。ConnectionType をサポートされている接続タイプに設定します。ContentType をドキュメントのフォーマットに設定します。AuthScheme をFHIR サーバーの認証要件に基づいて設定します。
  
  汎用、Azure ベース、AWS ベース、およびGoogle ベースのFHIR サーバー実装がサポートされます。
  
  Service Base URL のサンプル
  - 汎用：http://my_fhir_server/r4b/
  - Azure：https://MY_AZURE_FHIR.azurehealthcareapis.com/
  - AWS：https://healthlake.REGION.amazonaws.com/datastore/DATASTORE_ID/r4/
  - Google：https://healthcare.googleapis.com/v1/projects/PROJECT_ID/locations/LOCATION/datasets/DATASET_ID/fhirStores/FHIR_STORE_ID/fhir/
  汎用FHIR インスタンス
  
  CData 製品はFHIR のカスタムインスタンスへの接続をサポートします。カスタムFHIR サーバーへの認証はOAuth で行います（OAuth の詳細はヘルプドキュメントを参照してください）。カスタムFHIR インスタンスに接続する前に、ConnectionType をGenericに設定する必要があります。
"Test connection" ボタンをクリックして設定を確認し、Save をクリックします。

VirtualPort Administrator ツールで FHIR のデータを表示

データソースを作成したら、Denodo Platform で使用する FHIR のデータのベースビューを作成できます。

新しく作成した VirtualPort (admin.FHIR) で "Create base view" ボタンをクリックします。
オブジェクトツリーを展開し、インポートするオブジェクト（テーブル）を選択します。
"Create selected" ボタンをクリックして、FHIR のデータのビューを作成します。
オプション: "Create associations from foreign keys" をクリックして、オブジェクト間のリレーションシップを定義できます。
ビューが作成されたら、Server Explorer で対象テーブル（cdata_fhir_patient）に移動し、選択したテーブルをダブルクリックします。
新しいタブで "Execution panel" をクリックしてクエリパネルを開きます。
"Execute" タブでクエリをカスタマイズするか、デフォルトのクエリを使用します:
```
SELECT * FROM cdata_fhir_patient CONTEXT ('i18n'='us_est', 'cache_wait_for_load'='true')
```
Execute をクリックしてデータを表示します。