R から JDBC 経由でAmazon S3ののデータを分析

R と Java がインストールされている環境であれば、純粋な R スクリプトと標準的な SQL を使用してAmazon S3 のデータにアクセスできます。CData JDBC Driver for Amazon S3 と RJDBC パッケージを使えば、R からリモートのAmazon S3 のデータを操作できます。CData Driver を使用することで、業界で実績のある標準規格に準拠したドライバーを活用し、人気のオープンソース言語 R でデータにアクセスできます。この記事では、ドライバーを使ってAmazon S3に SQL クエリを実行し、標準的な R 関数を呼び出してAmazon S3 のデータを可視化する方法を説明します。

R のインストール

マルチスレッドとマネージドコードによるドライバーのパフォーマンス向上を最大限に活かすには、マルチスレッド対応の Microsoft R Open を使用するか、BLAS/LAPACK ライブラリとリンクされたオープンソース R を使用します。この記事では Microsoft R Open 3.2.3 を使用しています。このバージョンは、2016年1月1日時点の CRAN リポジトリのスナップショットからパッケージをインストールするように事前設定されており、再現性が確保されています。

RJDBC パッケージの読み込み

ドライバーを使用するには、RJDBC パッケージをダウンロードしてください。 RJDBC パッケージをインストールしたら、以下のコードでパッケージを読み込みます。

library(RJDBC)

Amazon S3に JDBC データソースとして接続

Amazon S3に JDBC データソースとして接続するには、以下の情報が必要です。

• Driver Class: cdata.jdbc.amazons3.AmazonS3Driver に設定します。
• Classpath: ドライバー JAR ファイルの場所を設定します。デフォルトでは、インストールフォルダの lib サブフォルダです。

dbConnect や dbSendQuery などの DBI 関数は、R でデータアクセスコードを記述するための統一されたインターフェースを提供します。以下のコードで、CData JDBC Driver for Amazon S3 に JDBC リクエストを行う DBI ドライバーを初期化します。

driver <- JDBC(driverClass = "cdata.jdbc.amazons3.AmazonS3Driver", classPath = "MyInstallationDir\lib\cdata.jdbc.amazons3.jar", identifier.quote = "'")

これで DBI 関数を使用してAmazon S3に接続し、SQL クエリを実行できます。dbConnect 関数で JDBC 接続を初期化します。

Amazon S3 リクエストを認可するには、管理者アカウントまたはカスタム権限を持つIAM ユーザーの認証情報を入力します。AccessKey をアクセスキーID に設定します。SecretKey をシークレットアクセスキーに設定します。

Note: AWS アカウント管理者として接続できますが、AWS サービスにアクセスするにはIAM ユーザー認証情報を使用することをお勧めします。

尚、CData 製品はAmazon S3 のファイルの一覧表示やユーザー管理情報の取得用です。S3 に保管されているExcel、CSV、JSON などのファイル内のデータを読み込みたい場合には、Excel Driver、CSV Driver、JSON Driver をご利用ください。

アクセスキーの取得

IAM ユーザーの資格情報を取得するには：

1. IAM コンソールにサインインします。
2. ナビゲーションペインで「ユーザー」を選択します。
3. ユーザーのアクセスキーを作成または管理するには、ユーザーを選択してから「セキュリティ認証情報」タブを選択します。

AWS ルートアカウントの資格情報を取得するには：

1. ルートアカウントの資格情報を使用してAWS 管理コンソールにサインインします。
2. アカウント名または番号を選択し、表示されたメニューで「My Security Credentials」を選択します。
3. 「Continue to Security Credentials」をクリックし、「Access Keys」セクションを展開して、ルートアカウントのアクセスキーを管理または作成します。

AWS ロールとして認証

多くの場合、認証にはAWS ルートユーザーのダイレクトなセキュリティ認証情報ではなく、IAM ロールを使用することをお勧めします。RoleARN を指定することでAWS ロールを代わりに使用できます。これにより、CData 製品は指定されたロールの資格情報を取得しようと試みます。

（すでにEC2 インスタンスなどで接続されているのではなく）AWS に接続している場合は、ロールを引き受けるIAM ユーザーのAccessKey とSecretKey を追加で指定する必要があります。AWS ルートユーザーのAccessKey および SecretKey を指定する場合、ロールは使用できません。

SSO 認証

SSO 認証を必要とするユーザーおよびロールには、RoleARN およびPrincipalArn 接続プロパティを指定してください。各Identity Provider に固有のSSOProperties を指定し、AccessKey とSecretKey を空のままにする必要があります。これにより、CData 製品は一時的な認証資格情報を取得するために、リクエストでSSO 認証情報を送信します。

組み込みの接続文字列デザイナー

JDBC URL の構築には、Amazon S3 JDBC Driver に組み込まれている接続文字列デザイナーが便利です。JAR ファイルをダブルクリックするか、コマンドラインから JAR ファイルを実行してください。

java -jar cdata.jdbc.amazons3.jar

接続プロパティを入力し、接続文字列をクリップボードにコピーします。

以下は、一般的な JDBC 接続文字列を含む dbConnect 呼び出しの例です。

conn <- dbConnect(driver,"jdbc:amazons3:AccessKey=a123;SecretKey=s123;")

スキーマの検出

このドライバーは、Amazon S3 API をリレーショナルテーブル、ビュー、ストアドプロシージャとしてモデル化します。以下のコードでテーブルの一覧を取得できます。

dbListTables(conn)

SQL クエリの実行

dbGetQuery 関数を使用して、Amazon S3 API でサポートされている任意の SQL クエリを実行できます。

objectsacl <- dbGetQuery(conn,"SELECT Name, OwnerId FROM ObjectsACL WHERE Name = 'TestBucket'")

以下のコマンドで、結果をデータビューアウィンドウに表示できます。

View(objectsacl)

Amazon S3 のデータのプロット

これで、CRAN リポジトリで利用可能なデータ可視化パッケージを使ってAmazon S3 のデータを分析できます。組み込みのバープロット関数でシンプルな棒グラフを作成できます。

par(las=2,ps=10,mar=c(5,15,4,2))
barplot(objectsacl$OwnerId, main="Amazon S3 ObjectsACL", names.arg = objectsacl$Name, horiz=TRUE)